Als erste echte Fortsetzung des Nintendo Entertainment System-Klassikers von 1988 kehrt Bionic Commando mit dem bionisch verbesserten Nathan "R.A.D." Spencer. Die Zeit hat es nicht gut mit Spencer gemeint: Fünf Jahre nach seinem heldenhaften Sieg über die Imperialen wurde er von der Regierung, der er zu dienen geschworen hatte, verraten und für eine Weile ins Gefängnis gesteckt...